Дотоод аудитын алба нь хууль тогтоомжийн хэрэгжилтэд хяналт тавин, төсвийн хөрөнгө, өр, төлбөр, орлого, зарлага, хөтөлбөр, арга хэмжээ, хөрөнгө оруулалтад санхүүгийн хяналт, шалгалт хийж, үнэлэлт, дүгнэлт, зөвлөмж гарган, эрсдлийн удирдлагаар Төсвийн ерөнхийлөн захирагчийг ханган ажилладаг.  Хууль, дүрэм, эрх зүйн актын хүрээнд болон дотоод аудитын Олон Улсын Мэргэжлийн Практикийн Хүрээ /The International Professional Practices Framework/ ний дагуу Дотоод аудит нь байгууллагын үйл ажиллагааг сайжруулах, түүний үнэ цэнийг нэмэгдүүлэхэд чиглэсэн хараат бус, бодитой баталгаа өгөх ба зөвлөх үйл ажиллагааг хэрэгжүүлж, системтэй, оновчтой арга хандлагаар байгууллагын эрсдлийн удирдлага, засаглал ба дотоод хяналтын үйл явцыг үнэлэх ба сайжруулахад тусладаг.